המושבה הצעירה הלכה והתפתחה, אך בקיץ 1914 פרצה מלחמת העולם הראשונה וזמנים קשים באו על כפר סבא. הטורקים החרימו בהמות עבודה ויבולים לטובת המאמץ המלחמתי, וכרתו עצים כדי לְהַסיק את קטרי הרכבות. ואם לא די בכך, באביב 1915 נחתו באזור חרקי האַרְבֶּה וחיסלו כל צמח ירוק.

לפני שהספיקה כפר סבא הצעירה להתאושש מהימים הקשים שכונו "החורבן השני", הגיעו למושבה כ- 1,500 פְּליטים מתושבי יפו ותל אביב שהטורקים גירשו מבתיהם, וחיפשו בה מקלט. הפליטים בנו לעצמם מגורים זמניים מענפי האיקליפטוסים הצעירים שגדלו במושבה. אבל מים קשה היה להשיג, כי רק באר אחת הייתה בכפר סבא ומימיה לא הספיקו לכל הצרכים. בקֶרֶב הפליטים פרצה מַגֵפה ורבים חלו ומתו.

הרופא הנודע ד"ר הלל יפה כתב ביומנו באותם ימים:

"כמעט כל היישוב בכפר סבא חולה, מלוכלך, לקוי בכינים... רעבים וסובלים מקור.. יש שם 250 חולים. 25 מתים כל שבוע..."

לקראת סוף מלחמת העולם הראשונה התחוללו בסביבת המושבה קרבות קשים בין הטורקים לבין האנגלים. כפר סבא ספגה הפגזות רבות ונהרסה לחלוטין.

המלחמה נסתיימה בניצחונם של האנגלים. הטורקים העות'מאנים ששלטו בארץ ישראל כ- 400 שנה עזבו את הארץ והאנגלים קיבלו את השליטה על ארץ ישראל.